General (r) Rito Alejo del Río fue capturado

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Según HRW, en ese momento las pruebas contra el general  Del Río eran lo suficientemente convincentes como para hacer que el entonces presidente Andrés Pastrana lo destituyera en 1998.

En 1999 el gobierno de Estados Unidos le canceló la  visa de entrada a ese país basándose en la existencia de pruebas fiables que lo implicaban en el "terrorismo internacional", entre otros crímenes.  Sin embargo, el alto oficial no tenía procesos  en Colombia.

LA CRUZADA DEL SACERDOTE JAVIER GIRALDO

El jesuita Javier Giraldo, lleva 25 años trabajando en la defensa de los derechos humanos y su contacto con comunidades afectadas por la violencia lo puso de frente al fenómeno paramilitar que, según él, tiene origen en el mismo Estado. Para él no hay duda de que las Fuerzas Militares participaron o se hicieron los de la 'vista gorda' con los paramilitares en el Magdalena Medio y Urabá, y considera que el caso de Rito Alejo del Río es un monumento a la impunidad.

Giraldo trabajó en el Urabá antioqueño en 1996 como miembro de la Comisión de Justicia y Paz, y apoyado en testimonios de campesinos de la región, sostiene que las tropas del general Del Río, entonces comandante de la Brigada XVII del Ejército, trabajaban de la mano con los paramilitares de la zona. En 2002, cuando la Fiscalía abrió investigación contra el militar, se presentó con el fin de hacer parte del proceso y entregó documentación valiosa y testimonios sistematizados de siete comunidades del Urabá antioqueño y el norte del Chocó, en la jurisdicción de la Brigada XVII.

Ha liderado ante la Justicia tres casos que de nuevo han cobrado vigencia:  la presunta connivencia entre las tropas de los generales Rito Alejo del Río y Farouk Yanine con los paramilitares, y la participación de militares en la masacre de San José de Apartadó, Urabá.

OTROS CASOS 

La Rochela. El 3 de marzo de 2008, la Corte Suprema de Justicia ordenó reabrir la investigación contra el general (r) Farouk Yanine Díaz por su supuesta participación en la masacre de 19 comerciantes, el 6 de octubre de 1987, cerca de Puerto Araújo,  Santander. 

Yanine era entonces comandante de la V Brigada y de la II División del Ejército, en Bucaramanga, y tenía bajo su jurisdicción a los batallones del Magdalena Medio. 'El Negro Vladimir', un confeso paramilitar que participó en la masacre, lo involucró en los hechos pero el General (r)fue exonerado años atrás por la Justicia Penal Militar.

San José de Apartadó. El 15 de marzo de 2008, la Fiscalía ordenó la captura de 15 miembros del Ejército por el asesinato, el 21 de febrero de 2005, de 11 personas, entre ellas tres niños, de la Comunidad de Paz de San José de Apartadó.  La decisión se basó en el testimonio del ex paramilitar  Jorge Luis Salgado, quien declaró que la masacre tuvo el apoyo de las Auc. 

Nexos con 'Jorge 40': El 4 de agosto de 2008, la Fiscalía ordenó la detención del coronel Hernán Mejía Gutiérrez y del teniente coronel José Pastor Ruiz Mahecha por concierto para delinquir agravado. Según la investigación, entre enero de 2002 y diciembre de 2003, Mejía Gutiérrez, en su condición de comandante del Batallón La Popa de Valledupar, y el entonces mayor Ruiz Mahecha, se habrían reunido con el jefe paramilitar Rodrigo Tovar Pupo, 'Jorge 40'. También los investigan por los asesinatos de Carlos Alberto Pumarejo Lopesierra y Edwar Cáceres Prado, que fueron reportados como muertos en combate.

Masacre El Aro: En julio de 2006, la Corte Interamericana de Derechos Humanos condenó al Estado colombiano por la masacre de 15 campesinos en  El Aro, Ituango, ocurrida el 18 de octubre de 1997, en la que participaron militares y paramilitares. En el fallo, lo consideró responsable de la masacre por acción, pues se demostró que participaron miembros del Ejército que recibían órdenes del entonces comandante de la IV Brigada, general Alfonso Manosalva, ya fallecido. Salvatore Mancuso señaló en versión libre, en enero de 2007, que se reunió con el general en las instalaciones militares para planear la masacre.